La Direcció General és nomenada pel Patronat de la Fundació Engrunes. Aquesta compta amb un President i una Secretària executius, els quals entre altres funcions, dirigeixen, coordinen, vigilen i controlen els seus objectius i funcionament general així com el desenvolupament dels programes, subscrivint els actes administratius i contractes que per a aquests hauran de celebrar-se. A més, han de rendir anualment al Patronat per a la seva aprovació, les propostes de programes d'actuació, el pla de gestió anual, inversió i finançament, així com el balanç i memòria corresponents, com també executar les decisions d’aquest.

El Consell de Direcció és l’òrgan de màxima responsabilitat en la gestió i presa de decisions. Les tasques d’aquest consell són decidir les línies prioritàries d’acció de la Fundació. També planifica reunir-se oficialment de forma bimensual, amb la possibilitat de realitzar tant les reunions extraordinàries que convinguin, com la de decidir les persones convidades que siguin necessàries.

Els membres del Consell de Direcció són:
Encarnación González Jiménez Presidenta Executiva
Isabel Lorenzo Cerqueira Directora General
Francisco Ruiz Platero Director Construcció
Encarna González Jiménez Directora Gestió de Residus i Serveis
Ana Belén Palma Cinta Gerent Departament Àrea Social
Mª Àngels Gea Delgado Gerent d’Engrunes Recuperació i Manteniment, S.L.U.
Diego Arias Rejon President Engrunes Recuperació i Manteniment, S.L.U.